結論：医師国保と協会けんぽ、どっちが得なのか？
先に結論からお伝えします。院長（開業医）本人や高収入の役員・従業員が多いクリニックは「医師国保」が有利になりやすく、収入がそれほど高くない従業員が中心の場合は「協会けんぽ（社会保険）」が有利になりやすい、というのが基本的な考え方です。
理由はシンプルで、医師国保は収入に関係なく保険料が一定（定額）であるのに対し、協会けんぽは収入が上がるほど保険料も上がる（収入比例）という、料金の決まり方の根本的な違いがあるためです。ただし判断を分ける要素は保険料だけではなく、「会社（医院）の保険料負担があるか」「扶養家族の保険料がかかるか」も損得を大きく左右します。
そもそもなぜ「選べる」のか？医療機関ならではの特性
クリニックを開設するうえで、社会保険をどうするかは、経営経験のない先生にとって最初の悩みどころです。日本は「国民皆保険」の制度をとっており、すべての国民が何らかの公的医療保険に加入する必要があります。個人開業で常時5人以上の従業員がいる場合は、社会保険（協会けんぽ）への加入が原則義務となります。
しかし医業の場合には特例があり、医師会に所属する医師とその医院は、「医師国民健康保険組合（医師国保）」と「協会けんぽ」の2パターンから選択できるという特徴があります。この選択肢があること自体があまり知られていません。だからこそ、それぞれの特性を理解したうえで選ぶことが大切です。
医師国保とは
医師国保（医師国民健康保険組合）とは、地区の医師会や大学医師会に所属する医師と、その家族・従業員が加入できる健康保険です。
最大の特徴は、保険料が収入に関係なく「定額」である点です。加入者の区分（組合員本人か家族か、年齢など）によって金額が決まり、給料がいくら高くても保険料は変わりません。そのため、収入の高い院長や役員ほど有利になります。
一方で注意点もあります。医院（会社）側の保険料負担がなく、加入者本人が全額を負担します。また、家族（扶養）にも一人ひとり保険料がかかります。この点は協会けんぽと大きく異なります。
医師国保の保険料（東京都医師国保・2026年度の例）
参考として、東京都医師国民健康保険組合の保険料（令和8年4月～）を挙げます。収入に関わらず、区分ごとの定額です。
| 区分 | 医療分＋支援金 ＋子育て支援金の合計 |
40〜64歳 （＋介護保険料6,000円） |
|---|---|---|
| 第1種組合員（開業医など） | 月額 40,900円 | 月額 46,900円 |
| 第2種組合員（勤務医など） | 月額 19,200円 | 月額 25,200円 |
| 家族（18〜74歳） | 月額 12,800円 | 月額 18,800円 |
※上記は東京都医師国保の例です。加入する医師会・組合によって金額は異なります。最新かつ正確な金額は、加入予定の組合にご確認ください。
協会けんぽ（社会保険）とは
協会けんぽ（全国健康保険協会）は、主に中小企業の役員・従業員が加入する、日本で最も加入者が多い健康保険です。保険料は「標準報酬月額」に保険料率をかけて計算する収入比例制で、給料が高いほど保険料も高くなります。等級は50段階に区分されています。
医師国保との大きな違いは2つあります。まず、保険料を医院（会社）と従業員が半分ずつ負担する「労使折半」である点。次に、扶養家族の保険料がかからない点です。配偶者やお子さんを扶養に入れても、その分の保険料は増えません。
協会けんぽの保険料（東京・2026年度）
2026年度（令和8年3月分～）の東京都の健康保険料率は9.85%（労使折半）です。これに40〜64歳の方は介護保険料率1.62%、さらに2026年4月からは子ども・子育て支援金0.23%が加わります。収入に応じて、標準報酬月額に応じた保険料がかかります。
※保険料率は都道府県ごとに異なり、毎年改定されます。最新の料率は協会けんぽの公式サイトでご確認ください。
医師国保 vs 協会けんぽ 比較表
両者の違いを一覧にまとめました。
| 項目 | 医師国保 | 協会けんぽ（社会保険） |
|---|---|---|
| 保険料の決まり方 | 定額（区分ごとに一定） | 収入比例（標準報酬月額に応じる） |
| 高収入者の負担 | 有利（いくら稼いでも一定） | 不利（収入が上がるほど高い） |
| 低収入者の負担 | 割高になりやすい | 有利 |
| 医院（会社）の負担 | なし（本人が全額負担） | あり（労使折半で医院が半額） |
| 扶養家族の保険料 | 人数分かかる | かからない |
| 医療法人化した後 | 加入が難しくなる | 加入できる |
| 加入条件 | 医師会への所属が必要 | 特になし |
選ぶときの判断ポイント
上の比較を踏まえると、判断の目安は次のようになります。
医師国保が向いているケースは、院長や役員の収入が高く、従業員数が少ない、または従業員の給与水準が高いクリニックです。定額であるメリットを最大限に活かせます。
協会けんぽが向いているケースは、扶養家族の多い従業員がいる、あるいは従業員の収入がそれほど高くない場合です。会社が保険料を半額負担する点や、扶養家族に保険料がかからない点が効いてきます。
なお、従業員視点では、収入が少ない人ほど協会けんぽが有利、収入が多い人ほど医師国保が有利という傾向があります。院長と従業員で最適解が異なることもあるため、医院全体でどちらを選ぶかは慎重な検討が必要です。
【重要】医療法人化を考えているなら、最初の選択が肝心
見落とされがちですが、非常に重要なポイントがあります。一度協会けんぽに切り替えてしまうと、その後で医師国保に加入することは難しくなります。特に医療法人化した後は、医師国保への新規加入が原則としてできなくなります。将来的に医療法人化を視野に入れている場合は、開業の当初の段階で、医師国保を選択しておくかどうかをよく検討する必要があります。後から取り返しがつきにくいポイントなので、開業前・法人化前の早い段階での相談をおすすめします。
まとめ
医師国保と協会けんぽは、「保険料が定額か収入比例か」「会社負担があるか」「扶養家族に保険料がかかるか」という点で大きく異なります。どちらが得かは、院長の収入、従業員の人数と給与水準、扶養家族の状況、そして将来の医療法人化の予定によって変わります。
当事務所は、開業医・クリニック・医療法人の税務と社会保険を専門的に扱っています。「うちの場合はどちらが得か」を、実際の数字をもとに個別にシミュレーションいたします。開業・法人化のタイミングでの保険選択にお悩みの際は、お気軽にご相談ください。
※本記事の保険料は2026年度（令和8年度）の東京都の例をもとにしています。保険料・保険料率は毎年改定され、加入する組合・都道府県によっても異なります。実際の加入判断にあたっては、最新の公表値をご確認いただくか、当事務所までお問い合わせください。